Existem muitas causas possíveis para a síndrome do intestino irritável. As algumas delas incluem:
- Sensibilidades alimentares;
- Intolerância à lactose;
- Má absorção de nutrientes;
- Endometriose,
- Stress;
- Interação mente-corpo;
- Desequilíbrios hormonais;
- Sensibilidades Ambientais.
Em 20% dos casos a síndrome do intestino irritável é desencadeada por uma infecção (nestes casos, as pessoas são mais propensas a ter este síndrome com diarreia, como sintoma dominante). A infecção causa inflamação nos tecidos mucosos (o revestimento intestinal), que por seu lado estimula alterações imunológicas e musculares. Quando a resposta inflamatória é contínua ao longo do tempo, os intestinos aprendem a ser super ou sub-reativos aos estímulos.